Występuje dziko w Europie – np. w północnej Jugosławii, południowej części Rosji, czasami można ją też zobaczyć w środkowej Francji i na południu Anglii. Rośnie w dolinach rzek, na osuszonych bagnach, często w dużych grupach. Cebule są kuliste, lekko spłaszczone, o średnicy do 3 cm. Rośliny osiągają wysokość 30-40 cm. Mają cienkie łodygi z kilkoma wąskimi liśćmi, zakończone kwiatem długości 3-3,5 cm. U wielu odmian płatki kwiatu są pokryte kwadratowymi plamkami. W ogrodach sadzi się odmiany o kwiatach białych, jasno- i ciemnopurpurowych.
Szachownica kostkowata dobrze rośnie w miejscach słonecznych i w półcieniu, w glebie wilgotnej, lekko kwaśnej. Kwitnie w tym samym czasie co szachownica cesarska, czyli na przełomie kwietnia i maja.
Szachownica kostkowata jest w Polsce pod ochroną. Jedynym miejscem, gdzie rośnie dziko, są wilgotne łąki w dolinie Sanu pod Przemyślem.
